Η Αλυκή βρίσκεται στη βορειοανατολική πλευρά της Λήμνου, κοντά στον οικισμό Κοντοπούλι, όπου καλύπτει μια συνολική έκταση περίπου 6000 στρεμμάτων.

Η Αλυκή είναι μια ρηχή παράκτια λιμνοθάλασσα η οποία την χειμερινή περίοδο καλύπτεται από νερό, ενώ κατά τους καλοκαιρινούς μήνες, όταν αποξηραίνεται αποτελεί ένα αλίπεδο.

Η αλυκή χωρίζεται από το θαλάσσιο περιβάλλον μέσω ενός αμμώδη διαδρόμου, μήκους περίπου 2,5 χιλιομέτρων και πλάτους 100-350 μέτρων, ο οποίος λειτουργεί ως φυσικό φράγμα. Ο αμμώδης βραχίονας αναπτύσσεται παράλληλα με την ακτογραμμή και αποτελεί παράκτια γεωμορφή η οποία αναπτύσσεται κυρίως σε ομαλές ακτές με ήπιο ανάγλυφο.

Ο αβαθής θαλάσσιος κόλπος στην περιοχή της Αλυκής 2.900–1.130 χρόνια πριν από σήμερα άρχισε να απομονώνεται από την επίδραση της θάλασσας, με αποτέλεσμα να σχηματίζεται μια ανοιχτή λιμνοθάλασσα. Η αύξηση του ρυθμού ιζηματογένεσης και η μείωση του ρυθμού ανόδου της στάθμης της θάλασσας συντέλεσαν στη δημιουργία του παράκτιου αμμώδους φράγματος. Η περιοχή της λιμνοθάλασσας Αλυκής, αποτελούσε ένα αβαθή θαλάσσιο κόλπο, ο οποίος άλλοτε ήταν πιο κλειστός, με μικρότερη επιρροή από τη θάλασσα, εμφανίζοντας λιμνοθαλάσσια χαρακτηριστικά, και άλλοτε ήταν ανοιχτός με μεγαλύτερη θαλάσσια επίδραση (Σιδηροπούλου Μ., 2016).

Νότια του αμμώδη βραχίονα, σχηματίζονται αμμοθίνες, οι οποίες αποτελούνται από υλικά που προέρχονται από τη διάβρωση των μολασσικών σχηματισμών της περιοχής.

Η Αλυκή είναι η μοναδική φυσική αλμυρή λίμνη τόσο μεγάλης έκτασης, στην οποία δεν έχει επέμβει ο άνθρωπος. Η περιοχή είναι ενταγμένη στις προστατευόμενες περιοχές του δικτύου Natura 2000. Η Αλυκή αποτελεί τόπο ανάπαυσης, τροφής και αναπαραγωγής για μεγάλο αριθμό σπάνιων και απειλούμενων ειδών, όπως το Κιρκινέζι και το Χρυσογέρακο.