Η Ηφαιστία ήταν μία από τις δύο πόλεις-κράτη της αρχαίας Λήμνου, και σύμφωνα με τα ανασκαφικά και ιστορικά δεδομένα, η μεγάλη ακμή της διήρκεσε από τον 7ο έως τον 1ο αιώνα π.Χ. Αποτελούσε την έδρα της αρχαιοελληνικής θρησκείας στο νησί. Προστάτης της πόλης ήταν ο θεός Ήφαιστος, στον οποίο οφείλει το όνομά της. Νομίσματα που βρέθηκαν στη θέση και παριστάνουν έναν αναμμένο δαυλό στη μία τους όψη, αποδεικνύουν ότι τελούνταν γιορτές προς τιμή του θεού Ηφαίστου, τα λεγόμενα “Ηφαίστεια”.
Η Ηφαιστία αποτελούσε σημαντικό λιμάνι, χτίστηκε από τους Πελασγούς πάνω σε μία χερσόνησο που βρέχεται γύρω-γύρω από θάλασσα σχηματίζοντας δύο φυσικά λιμάνια.
Έχουν εντοπιστεί πολυάριθμοι τάφοι με αττικά αγγεία. Ο πιο παλιός χρονολογείται στο πρώτο μισό του 5ου αιώνα ενώ υπάρχουν και άλλοι μεταγενέστεροι τάφοι που φθάνουν μέχρι τη ρωμαϊκή εποχή. Ανάμεσα στα ελληνικά κτίσματα ξεχωρίζουν το θέατρο, το οποίο κατασκευάστηκε στην ελληνιστική περίοδο, με χρήση και τη ρωμαϊκή.
Άλλα κτίσματα που βρέθηκαν, όπως εκκλησίες και κατοικίες, μαρτυρούν για τη σπουδαιότητα αυτής της πόλης και στη βυζαντινή περίοδο.
Στην παρακμή και στην πλήρη εγκατάλειψη της Ηφαιστίας συνετέλεσαν δύο λόγοι: Πρώτον, η φυσική καταστροφή του λιμανιού, λόγω των διαδοχικών προσχώσεων από τα νερά της βροχής και δεύτερον η επικράτηση του χριστιανισμού γύρω στο 2ο με 3ο αιώνα. Οι χριστιανοί μη μπορώντας να ακολουθήσουν με άνεση τη θρησκεία τους, αναζήτησαν νέα έδρα στον Κότζινο, η ακμή του οποίου επέσπευσε την ερήμωση της Ηφαιστίας.