Το χωριό οφείλει το όνομά του στο βυζαντινό γαιοκτήμονα Κοντόπουλο. Οι πρώτοι κάτοικοι του ήρθαν από την Ηφαιστία, τον Κότσινο και τον Άγιο Υπάτιο.
Στη διάρκεια της κατοχής το Κοντοπούλι υπέφερε από τα γερμανικά στρατεύματα, τα οποία προξένησαν πολλές καταστροφές στα σχολεία και άλλα δημόσια κτίρια, καταλήστεψαν τις περιουσίες φτωχών και πλούσιων, κατακράτησαν ομήρους. Η στρατιωτική μονάδα Κοντοπουλίου ήταν από τις τελευταίες που εγκατέλειψαν τη Λήμνο το 1944.
Αξιοθέατα της περιοχής μεγάλης σπουδαιότητας αποτελούν ο ναός του Αγίου Δημητρίου, ο ναός της Αγίας Αναστασίας και το υπόγειο αγίασμα., η λιθόγλυπτη κρήνη, ο αρχαιολογικός χώρος της Ηφαιστίας, ο αρχαιολογικός χώρος του Καβείριου, και η Αλυκή (υδροβιότοπος).