Στην περιοχή του Μούδρου η κατοίκηση ξεκινά από τα προϊστορικά χρόνια. Η ονομασία Μούδρον (το) ή Μούδρος (ο) είναι άγνωστης προέλευσης. Πιθανότερη θεωρείται η εκδοχή πως προέκυψε εξαιτίας κάποιου “μύδρου”, γρανιτένιου βράχου από στερεοποιημένη λάβα που υπήρχε κοντά στο λιμάνι και σ’ αυτόν έδεναν οι ναυτικοί τα πλοία τους.
Το 1835 κτίστηκε η εκκλησία των Ταξιαρχών “ΔΙΑ ΤΩΝ ΕΓΧΩΡΙΩΝ ΜΟΥΔΡΟΥ”. Είναι τρίκλιτη με μεταγενέστερο εξωνάρθηκα, ενώ το ξύλινο τέμπλο της λέγεται ότι είναι αντίγραφο τέμπλου ναού της Σμύρνης. Το 1903-04 κτίστηκε ο μνημειακός ναός της Ευαγγελίστριας. Είναι τρίκλιτη βασιλική με πύργους στο καμπαναριό και φέρει εντυπωσιακά αρχιτεκτονικά στοιχεία. Ο επιτάφιος είναι δώρο του ναύαρχου Κουντουριώτη. Στο χώρο που χτίστηκε ο ναός υπήρχε παλαιότερα το μετόχι της Αγίας Μαρίνας της μονής Κουτλουμουσίου, του οποίου σώζεται η αγία τράπεζα και κάποια κτίσματα. Το μετόχι αυτό είχε τραγικό τέλος. Οι Τούρκοι το έκαψαν μαζί με επτά καλόγερους, όταν σε πηγάδι του μετοχίου ανακάλυψαν νεκρούς κάποιους Τούρκους αξιωματικούς. Σώθηκαν μόνο δυο μοναχοί, οι οποίοι κατέφυγαν στο Κουτλουμούσι και κατήγγειλαν ότι τους Τούρκους είχαν σκοτώσει περίοικοι του μετοχίου, με σκοπό να ενοχοποιήσουν τους μοναχούς, να διαλυθεί το μετόχι και να οικειοποιηθούν τα χωράφια του. Τότε ο ηγούμενος υπέβαλε το χωριό σε επιτίμιο, το οποίο λύθηκε πανηγυρικά μόλις πριν από μερικά χρόνια.