Το χωριό πρωτοαναφέρεται με το σημερινό του όνομα το 1285 σε μοναστηριακά έγγραφα. Οι παλιές αναφορές ως Ρεπανίδιον ή Ραπανίδι επαναλαμβάνονται από το 13ο ως το 16ο αιώνα και τις ξαναβρίσκουμε στα κοινοτικά έγγραφα του 19ου αιώνα με τις μορφές: Ρεπανίδιον, Ραπανίδι, Ροπανίδι, Ρεπανήδι ή Ρεπανίδη. Συνεπώς, η ονομασία του χωριού προήλθε μάλλον από το αγριόχορτο ραπανίδα ή ρεπανίδα, δηλαδή πρόκειται για φυτωνύμιο. Οι πρώτοι κάτοικοι του Ρεπανιδίου ήρθαν από την Ηφαιστία, η οποία γύρω στον ΙΒ’ αιώνα είχε αρχίσει να εγκαταλείπεται από τους κατοίκους της.
Από το Ρεπανίδι καταγόταν ο νεομάρτυρας Αθανάσιος, τον οποίο συνέλαβαν οι Τούρκοι το 1846 και τον οδήγησαν στην Κωνσταντινούπολη με ένα πλοίο. Όμως, ο μάρτυρας έμελλε να μη φτάσει ποτέ στην Πόλη, διότι κατά τη διάρκεια της διαδρομής και ενώ έπλεαν στον Ελλήσποντο, οι δεσμοφύλακες τον έριξαν αλυσοδεμένο στη θάλασσα και τον έπνιξαν, γνωρίζοντας πιθανότατα ότι θα αθωωνόταν στο ανώτερο δικαστήριο, αφού δεν είχε διαπράξει κανένα αδίκημα.
Η σπουδαιότητα της περιοχής του Ρεπανιδίου μνημονεύεται από αρχαιοτάτων χρόνων, αφού στην γειτονική θέση αγιόχωμα εξορυσσόταν η περίφημη «Λημνία Γη»