Στο Βόρειο τμήμα της παραλίας του Αγίου Ιωάννη, βρίσκεται το τόμπολο «Πρασά Λιμάνι». Πρόκειται για τον αμμώδη διάδρομο που ενώνει την ηφαιστειακή νησίδα με την παραλία.

Η νησίδα δημιουργήθηκε από ανερχόμενο μάγμα το οποίο διείσδυσε σε προϋπάρχοντα ηφαιστειακά πετρώματα και στερεοποιήθηκε. Με το πέρασμα του γεωλογικού χρόνου, η διάβρωση απομάκρυνε τα περιβάλλοντα πετρώματα, που είχε ως αποτέλεσμα την αποκάλυψη της ηφαιστειακής φλέβας.

Το τόμπολο αποτελεί μια μορφή παράκτιας απόθεσης από άμμο και αποστρογγυλεμένα βότσαλα (κροκάλες). Η δημιουργία του τόμπολου οφείλεται στην δράση των θαλάσσιων κυμάτων και την μείωση της μεταφορικής τους ικανότητας, με αποτέλεσμα την απόθεση υλικού, που δημιουργεί μια λωρίδα η οποία συνδέει τη νησίδα με τη γειτονική ακτή.